1937年7月，马建章出生在辽宁省一户普通农民家庭。1962年，马建章在中国开设了第一门狩猎经营学（现野生动物管理学）和狩猎产品学（现野生动物产品学）课程。1988年，马建章建立中国第一个自然保护区资源管理本科专业。1993年，东北林业大学野生动物资源学院成立，马建章担任首届院长。

1995年，马建章创建中国野生动物保护与管理人才培训中心并兼任中心主任，当选中国工程院院士。2008年，马建章荣获国家级教学名师称号。2012年，国家林业局猫科动物研究中心建立，马建章任主任。培养人才5000余人，成为我国野生动物保护事业的中坚力量，被学界称为“马家军”。1981年，200多万字的科考成果报告获国家科技进步二等奖。20世纪80年代，马建章主持，首次在380多万平方千米的国土上，对“三北”防护林地区的陆栖脊椎动物资源进行了全面系统的调查与规划，并创造了发现33种鸟类的新纪录。20世纪90年代，马建章提出的冬季大型兽类痕迹法、逆截线法等成为北方各省区野生动物资源调查的基本方法。他主持的中美合作课题——《艾鼬生态学研究》，不仅填补了艾鼬生态学的许多空白，也为拯救在北美已濒危的黑足鼬提供了重要的科学依据，获得了美、日学者的高度赞誉。

1990年，马建章出版了《野生动物管理学》一书，是中国学者撰写的第一部野生动物管理方面的专著。作为我国野生动物学科和野生动物管理高等教育的奠基者和开拓者，他一直坚持本科生授课。1992年，在俄罗斯举行的国际鹤和鹳保护会议上，马建章被推选为会议执行主席。他支持并主持论证建立了我国第一个猫科动物繁育中心，是目前世界上最大的老虎种群基地，主持建立了我国第一个科学化管理的熊类饲养场，是我国第一个经国务院批准对外开放的猎场和第一个对外开放的水禽猎场。

目前，马建章所创办的野生动物系已经发展成我国唯一一所野生动物资源学院，培养各级各类人才5000余人，遍布大江南北成为我国野生动物保护事业的中坚力量，被学界尊称为“马家军”。