1927年，北洋政府逮捕了李大钊，不加审讯即处以绞刑。吴承仕不胜悲痛，愤然辞去国民政府司法部佥事一职。先后到北京大学、北京师范大学、北京女子师范大学、中国大学担任教职。

1930年初，吴承仕在好友范文澜处见到《共产党宣言》，读完后，对范文澜说：“这本书说得很有道理！”此后，开始接受马克思主义，重新思考中国的历史与现实问题。

九一八事变后，吴承仕密切关注进步青年的抗日救亡斗争。国文系学生王志之以“含沙”笔名写成进步小说《风平浪静》，吴承仕慷慨解囊资助其出版，并费尽周折，帮助他在西单附近开设“新文艺书店”。学生余修编辑进步诗刊《大风》时，印刷、发行遇到了困难，吴承仕得知后，又承担了《大风》诗刊的印刷经费。而吴承仕也先后创办《文史》《时代文化》等刊物，刊载鲁迅、茅盾、高尔基等进步作家的作品，宣传抗日救国。

“一二·九运动”爆发后，吴承仕在报刊上连续发表《新学生团体的出现》《袈裟与手枪》《读书与救国》等文章，支持学生的爱国行动，揭露反动派的丑行。他对学生说：“平常时期要为救国而读书，国难当头时要为读书而救国。”

1936年秋，早就受到北平地下党关注的吴承仕光荣加入中国共产党，成为“中国第一个用马克思主义观点研究经学的人”。1938年初，日伪多次试图以“北师大校长”职位和高薪诱其合作，都被他断然拒绝。

1939年9月，吴承仕病逝。延安各界为他举行隆重悼念活动，毛泽东送上挽联：“老成凋谢。”周恩来撰联称赞他：“孤悬敌区，舍身成仁，不愧青年训导；重整国学，努力启蒙，足资后学模范。”

王剑